1、增值税的风险
不能作为进项抵扣，导致增值税增加。个人、公家傻傻分不清，未能及时申报，有偷税漏税风险。
2、企业所得税的风险
无法税前扣除，企业所得税增加。可能漏缴企业所得税，被稽查风险大。
3、个人所得税的风险
通过微信、支付宝给员工发放工资，存在漏报个税或刻意偷逃个税的风险。同时微信、支付宝发红包还要注意个税问题，应该区分不同的情形判断是否缴纳个税，以及如何缴纳个税。
4、公司管理风险
采用微信、支付宝付款，款项账面不透明、企业交易资金流不清晰、资金无法受到监管、企业内部管理财务混乱， 不利于企业长期发展
